Les eubactéries et les archébactéries ont plusieurs différences biologiques clés, principalement dans la structure de la membrane et de la paroi de leurs cellules. Les eubactéries et les archébactéries ont des structures cellulaires générales similaires, mais la composition et la disposition de ces composants cellulaires sont remarquablement différent. Les archae, comme les eubactéries, n'ont pas de membranes internes et utilisent des flagelles pour manœuvrer, mais ont des parois cellulaires composées de peptidoglycane
En plus de leurs structures cellulaires différentes, les eubactéries et les archées ont des flagelles différents. Les flagelles trouvés chez les archaeabactéries proviennent de la variété bactérienne de pili de type IV, tandis que les flagelles des eubactéries proviennent du système de sécrétion de type III. Eubacteria flagellum est mince et ressemble à une tige, avec un centre creux et composé de minuscules sous-unités. Ceux trouvés dans les archées, en revanche, sont plus courts, plus larges et attachés directement à la base. Les deux organismes se reproduisent de manière asexuée par le processus de fission binaire, suivi du bourgeonnement et de la fragmentation. Les eubactéries, cependant, forment des spores qui peuvent rester dormantes pendant plusieurs années; ce trait n'est pas exprimé par les archées. Les eubactéries et les archébactéries partagent plusieurs habitats qui se chevauchent, tels que les sources chaudes, dans la croûte de la surface terrestre et dans le corps des plantes, des animaux et des humains. Les deux sont adaptés à la vie dans des conditions difficiles, mais les eubactéries préfèrent les climats humides, tandis que les archaeabactéries apprécient les endroits chauds et secs
