Il existe trois groupes principaux d'archaeabactéries : les Crenarchaeota, les Euryarchaeota et les Korarchaeota. Les Crenarchaeota sont extrêmement tolérantes à la chaleur et les Euryarchaeota survivent dans des habitats sans oxygène ou salés. Les Korarchaeota sont les moins bien compris des groupes.
La plupart des archéobactéries sont des extrêmophiles qui prospèrent dans des habitats inhospitaliers pour la plupart des autres formes de vie. Les Crenarchaeota sont des thermophiles, dont beaucoup résistent également au soufre et à une acidité élevée. Ces organismes vivent dans des habitats volcaniques et des sources chaudes. Le pH de leur environnement varie de 5 à 1, et ils résistent à des températures supérieures à 230 degrés Fahrenheit.
Euryarchaeota contient des halophiles, des organismes qui prospèrent dans des environnements comme les lacs salés. Ce groupe comprend également les méthanogènes qui vivent dans des conditions anaérobies, comme les zones humides et même les intestins d'autres animaux. Le méthane est le produit du métabolisme du méthanogène.
Comme les Crenarchaeota, les Korarchaeota vivent dans des habitats à haute température, tels que des sources chaudes. Ces organismes sont primitifs et font partie des archébactéries les moins courantes dans la nature.
Les archaebactéries et les eubactéries, ou vraies bactéries, partagent un ancêtre commun, et les archaebactéries sont similaires aux vraies bactéries, ainsi qu'à la vie eucaryote. La recherche suggère que les eucaryotes augmentent, de manière évolutive, à partir d'archaeabactéries. De plus, il est émis l'hypothèse que les eucaryotes et les Crenarchaeota ont plus en commun que les différents groupes d'archaeabactéries les uns avec les autres.
