Un inconvénient de la chimie verte est que le passage d'un ancien produit ou procédé à un nouveau prend du temps. Une refonte du nouveau processus ou produit est souvent difficile, et il y a un manque d'unité sur ce qui est jugé plus sûr.
Un autre domaine de préoccupation avec la chimie verte ou durable est le remplacement des pesticides ou produits chimiques traditionnels utilisés en agriculture par des biopesticides, qui sont des pesticides dérivés de matériaux naturels tels que les plantes et les animaux. Cependant, le processus est lent, car à grande échelle, les coûts de production sont élevés.
La chimie verte favorise la conception de produits chimiques et de procédés qui réduisent la production de substances dangereuses.
