Les champignons saprotrophes absorbent les nutriments de la matière organique en décomposition. Ils libèrent des acides et des enzymes qui décomposent les tissus morts en particules plus petites afin qu'ils puissent être absorbés. Ces champignons sont extrêmement importants pour la chaîne alimentaire car ils aident à recycler les matières mortes dans le sol.
Le comportement saprotrophe est l'une des quatre façons dont les champignons obtiennent des nutriments. Les champignons myorhiziens forment des relations symbiotiques avec d'autres plantes et animaux. Habituellement, la relation est mutualiste, ce qui signifie que les deux organismes en bénéficient. Le champignon tisse autour des cellules racinaires de la plante ou s'enroule autour des racines elles-mêmes. Le champignon fournit de l'humidité et des nutriments supplémentaires à la plante et, à son tour, il accède aux sucres produits par la plante. Les champignons endophytes forment également une relation mutualiste avec une plante hôte. Cependant, ils ont leur propre catégorie car, contrairement aux champignons myorhiziens, ils peuvent facilement être cultivés en laboratoire sans plante hôte présente. Les champignons parasites infectent et se nourrissent d'organismes vivants, les tuant éventuellement.
