La coupe sélective permet aux écosystèmes de soutenir plus d'animaux sauvages que la coupe à blanc et permet aux forêts de conserver une partie de leur résistance aux maladies et aux ravageurs. De plus, des études montrent que les niveaux d'absorption de carbone se rétabliront rapidement si la coupe sélective est effectuée correctement. Certains des inconvénients sont que certaines espèces peuvent ne pas se régénérer rapidement, et l'éclaircissage de la forêt peut entraîner une augmentation des dommages causés par la glace, les tempêtes ou les incendies.
L'un des plus grands avantages de la coupe sélective est que l'impact écologique global sur la forêt est réduit. Bien que le processus soit envahissant, une forêt coupée sélectivement est capable de supporter beaucoup plus d'espèces qu'une forêt coupée à blanc. De plus, la coupe à blanc d'une forêt la rend beaucoup plus vulnérable aux maladies que la coupe sélective. Dans certaines régions, la coupe des arbres anciens peut laisser la place à de nouvelles espèces capables de mieux supporter l'ombre que les arbres d'origine. Enfin, des recherches menées en Amazonie par Michael Goulden de l'Université de Californie à Irvine suggèrent que les forêts retrouvent la majeure partie de leur capacité à absorber le dioxyde de carbone peu de temps après leur coupe sélective.
Cependant, il y a toujours des inconvénients à la coupe sélective. Certaines espèces d'arbres, en particulier les pins, les sapins et les séquoias, ne se régénèrent pas bien après une coupe sélective. Cela signifie que la composition d'une forêt dans son ensemble peut changer après une coupe sélective. Les tempêtes de vent et de verglas peuvent endommager les zones ouvertes laissées par la coupe sélective. Le feu est également un risque après la coupe sélective, car le sol s'assèche et les incendies sont plus susceptibles de se déclarer. Enfin, alors qu'une forêt peut être en mesure de récupérer son absorption de carbone rapidement après une coupe sélective, une forêt qui a repoussé après avoir été coupée n'a pas toute la diversité d'une forêt ancienne.
