Les plans du président Andrew Johnson pour la reconstruction étaient les mêmes que les plans du président Lincoln : l'union serait réunifiée et le Sud ne devrait pas être puni. Johnson avait prévu de le faire en graciant les Sudistes qui, bien qu'ils pris part à la guerre, prêta allégeance aux États-Unis. Il a également réadmis les États dans l'union si 10 pour cent des électeurs blancs de l'État ont prêté allégeance. Après avoir rejoint le syndicat, il leur a permis de réformer leur gouvernement sans esclavage.
Malgré ces grands progrès de la Reconstruction, Johnson n'était ni soutenu ni populaire auprès du puissant parti républicain. Le parti républicain voulait mettre davantage l'accent sur la protection des esclaves affranchis et rendre plus difficile la réintégration dans l'union. De plus, les républicains s'inquiétaient de la rapidité avec laquelle les États du sud adoptaient des lois pour limiter les libertés des anciens esclaves. Andrew Jackson et le Congrès n'ont pas bien travaillé ensemble. Ils ont rejeté ses plans de reconstruction et Jackson a opposé son veto à leurs plans. Cependant, le Congrès a pu voter ses plans de reconstruction avec une marge suffisamment large. Le Congrès a également limité le pouvoir présidentiel de Jackson par l'adoption du Tenure of Office Act. Cela signifiait que Jackson ne pouvait plus révoquer les personnes nommées par le fédéral. Lorsque Jackson l'a fait de toute façon avec le secrétaire à la Guerre Edwin Stanton, le Congrès a tenté de le destituer. La Chambre a voté en ce sens, mais le vote est tombé d'un coup au Sénat. Cette affirmation a pris fin en 1869 lorsque Ulysses S. Grant est devenu président et a pleinement soutenu les plans de reconstruction du Congrès.
