Les protistes se déplacent en utilisant des cils, des flagelles et des pseudopodes. La méthode de locomotion varie en fonction du type d'espèce de protistes et de l'endroit où ils vivent.
Le mouvement de certains protistes est activé par les cils, qui sont de minuscules projections ressemblant à des cheveux qui s'étendent de leur surface ou de l'intérieur des cellules. Les cils permettent aux protistes de se déplacer selon des motifs rythmiques lorsqu'ils nagent dans l'eau. D'autres protistes se déplacent à l'aide de flagelles, qui sont de longs appendices filiformes qui ressemblent à de longs fouets et aident les organismes à se déplacer régulièrement à travers les courants et les vagues. Les pseudopodes sont le troisième type de locomotion protiste. Ce mouvement implique une projection temporaire de cytoplasme à travers certaines cellules, comme les phagocytes.