Des précipitations abondantes, constantes et prolongées, associées au débordement des rivières et autres canaux d'eau, sont l'une des principales causes d'inondation. Au fur et à mesure que l'eau de pluie atteint et remplit les canaux de la rivière, l'eau se répand sur la plaine inondable ou les terres à côté de la rivière et provoque des inondations.
Les inondations après de fortes pluies sont également affectées par certains facteurs, notamment les canaux fluviaux escarpés et peu profonds, le manque de végétation et les bassins de drainage en béton qui empêchent l'eau de s'infiltrer jusqu'au sol et d'accélérer l'écoulement de l'eau dans la plaine inondable. Des systèmes de drainage insuffisants, un mauvais entretien des cours d'eau et des égouts défectueux contribuent également aux inondations.
La cause des inondations varie également selon la situation géographique. La marée haute combinée à un temps orageux et à une faible pression atmosphérique est l'une des principales causes d'inondations dans les régions côtières. Les ouragans provoquent des ondes de tempête destructrices, qui peuvent rapidement soulever les eaux côtières de plusieurs mètres. Une onde de tempête peut pénétrer la plage et les zones basses plus à l'intérieur des terres.
Un tsunami ou un raz de marée produit par un tremblement de terre ou une perturbation au fond de l'océan peut générer un ensemble de vagues qui s'accumulent lentement et augmentent en vitesse dans les eaux moins profondes. Contrairement à une onde de tempête, un tsunami se présente sous la forme d'une immense vague qui, si elle est énormément amplifiée, peut provoquer des inondations et des dommages excessifs aux propriétés.