Les mauvaises pratiques agricoles, la déforestation et le surpâturage du bétail sont quelques-unes des causes de l'épuisement des nutriments du sol. Ces activités conduisent finalement à l'érosion des sols, à l'engorgement, à la salinisation et à la désertification, c'est-à-dire lorsque le sol perd 10 pour cent de sa productivité.
De nombreux facteurs contribuent au problème mondial de l'épuisement des éléments nutritifs du sol, mais l'un des plus importants est l'utilisation de procédés agricoles de qualité inférieure. Par l'application de pesticides et d'herbicides toxiques, les micro-organismes pathogènes agissent comme un fléau, polluant le sol et inhibant la croissance des plantes. Faire pousser des cultures sur des pentes abruptes dégrade également considérablement la qualité du sol.
L'irrigation peut provoquer l'engorgement, c'est-à-dire la sursaturation du sol. L'engorgement élimine les nutriments du sol et endommage les racines des plantes par dénitrification. Un autre effet de l'agriculture est la salinisation, ou l'accumulation de sels dans le sol. L'épuisement des nutriments du sol a un effet direct sur la santé humaine, car des études montrent une diminution de la valeur nutritionnelle des fruits et légumes au fil des ans.
Les plantes et la végétation offrent un mécanisme de protection contre l'érosion pour le sol entourant leurs racines. Lorsque le surpâturage du bétail, l'aménagement des terres ou l'agriculture réduisent la quantité de boisement, l'érosion se produit à un rythme accéléré. En raison de l'activité humaine, l'érosion des sols se produit à un rythme beaucoup plus rapide que la formation des sols.