La bactérie Bacillus subtilis est gram-positive, mobile et semblable à une spore. Certaines souches sont en forme de bâtonnet, tandis que d'autres sont cylindriques ou ellipsoïdales. Ils développent des endospores et la plupart des formes ne produisent pas de matériel capsulaire substantiel en laboratoire. La croissance de très petites structures (rides et plis) est observée à mesure que les pellicules de la bactérie mûrissent.
La bactérie vit principalement dans l'eau, le sol, l'air et les restes de plantes en décomposition. Les endospores qu'il produit l'aident à résister à la chaleur extrême et à l'aridité de l'environnement. Bien qu'il produise une gamme d'enzymes qui lui permettent de se décomposer en un certain nombre de substrats naturels et d'aider au cycle des nutriments, dans la plupart des conditions, il est biologiquement inactif et existe sous la forme d'une spore.