La fonction du canal cholédoque est de transporter la bile du foie et de la vésicule biliaire dans le duodénum, la partie supérieure de l'intestin grêle directement après l'estomac. La bile qu'il transporte interagit avec les graisses ingérées et des vitamines liposolubles pour leur permettre d'être absorbées par l'intestin.
La bile est produite dans le foie, avec des sels biliaires comme composant principal. La bile a une couleur jaune-vert qui provient d'une substance différente, la bilirubine, qui provient des globules rouges décomposés. Pendant le jeûne, environ 75 % de la bile produite dans le foie est libérée dans la vésicule biliaire, tandis que le reste passe par le canal cholédoque dans les intestins. La vésicule biliaire absorbe l'eau de la bile qui y est stockée et la concentre dans une large mesure.
Une fois la nourriture ingérée, les signaux hormonaux provoquent la libération de la bile par la vésicule biliaire. La vésicule biliaire libère entre 50 et 75 pour cent de son contenu à tout moment. La bile concentrée est libérée par le canal cholédoque pour rencontrer la nourriture lors de son passage dans l'intestin. Les sels biliaires ne sont que faiblement absorbés dans la partie supérieure de l'intestin, mais plus bas, ils sont absorbés dans la circulation sanguine, où ils sont ramenés vers le foie pour être réutilisés.