Bien qu'ils soient tous les deux des poissons porte-épée, les marlins appartiennent à la famille des Istiophoridae, tandis que les espadons sont les seuls membres de la famille des Xiphiidae. Visuellement, la plus grande différence est que les marlins ont une crête sur le dos tandis que l'espadon ont une seule nageoire dorsale.
Les marlins ont également une seule grande nageoire dorsale, mais contrairement à celle de l'espadon, la nageoire du marlin se rétrécit en une crête basse qui longe la majeure partie du dos du poisson. Il existe trois types de marlin. Il s'agit du marlin hachette, du marlin bleu et du marlin blanc. Tous les trois ont la crête distinctive, bien qu'à des hauteurs variables.
Une autre différence visuelle entre le marlin et l'espadon est que les marlins ont des nageoires pelviennes, qui sont situées sous le poisson près de sa tête. L'espadon n'a pas de nageoires pelviennes. Les marlins ont également une double carène caudale, tandis que l'espadon en a une seule. Les marques corporelles varient, les marlins ayant des taches sur les nageoires et des rayures corporelles, selon les espèces, tandis que les espadons ont tendance à être de couleur unie.
Sur le plan comportemental, il existe des preuves que l'espadon utilise son bec pour chasser plus souvent que les marlins. Les espadons sont plus susceptibles de tailler leurs proies pour les tuer, bien que les deux espèces comptent davantage sur la vitesse pour attraper leur nourriture. Leur aire de répartition diffère également, les marlins vivant exclusivement dans l'océan Atlantique, tandis que l'espadon se trouve dans les océans Atlantique, Pacifique et Indien.