La principale différence est que l'amidon est converti par les plantes tandis que le glycogène est converti par les animaux. Cependant, l'amidon et le glycogène sont tous deux des polymères polysaccharides d'alpha glucose.
L'amidon peut se présenter sous la forme d'amylose, avec des centaines d'anneaux de glucose reliés entre eux par des liaisons a-1,4, ou d'amylopectine, qui peut contenir des milliers d'anneaux de glucose reliés entre eux par une combinaison d'a-1,4 et d'un -1,6 liaisons.
Le glycogène est le moyen par lequel les animaux stockent le glucose pour une utilisation ultérieure. Il possède à la fois des liaisons a-1,4 et a-1,6, comme l'amylopectine, permettant de nombreuses branches moléculaires et par conséquent une plus grande surface spécifique pour une conversion plus rapide par hydrolyse en glucose.
