Les protozoaires sont une source indirecte de nourriture pour l'homme, les poissons et autres animaux. Les protozoaires jouent également un rôle important dans la purification de l'eau en décomposant les déchets organiques dans l'eau. Les prospecteurs utilisent les dépôts squelettiques de protozoaires marins pour localiser le pétrole. Les protozoaires causent également le paludisme, une infection qui tue et affaiblit des millions de personnes chaque année, affectant leur capacité à travailler.
Les protozoaires contrôlent la population de bactéries du sol en s'en nourrissant. En régulant les populations bactériennes, les protozoaires assurent leur maintien en phase de croissance active. Cela augmente la vitesse à laquelle les bactéries du sol décomposent la matière organique morte. Les protozoaires excrètent également du phosphore et de l'azote sous forme d'ammonium et d'orthophosphate. Cette excrétion métabolique contribue à enrichir le sol et à améliorer la croissance des plantes.
Les biologistes utilisent des protozoaires comme bioindicateurs. La présence ou l'absence de protozoaires spécifiques dans un environnement peut indiquer une perturbation ou une intégrité écologique. Étant donné que les protozoaires absorbent et accumulent des toxines environnementales, ils peuvent également être collectés et analysés pour la présence de substances toxiques spécifiques.
Les dépôts squelettiques de protozoaires marins morts se fossilisent et se transforment en d'importantes roches sédimentaires. Ceux-ci ont été mis dans une gamme d'utilisations commerciales, telles que les pierres de construction, les agents filtrants et les abrasifs.
