Lorsqu'un individu fait référence au règne des champignons, les champignons sont le nom scientifique correct pour tous les organismes classés comme champignons. Le règne des champignons peut être décomposé en sous-royaumes, phyla et sous-phyla.
Par exemple, le phylum chytridiomycota contient certains des premiers champignons évolués. Un autre phylum, le zygomycota, se compose de champignons terrestres qui n'ont que des cloisons dans les zones de reproduction. Le phylum ascomycota comprend les levures et les moisissures.
Chaque espèce de champignon a un nom scientifique. Amanita flavoconia, une espèce de champignon, fait partie de l'ordre des agaricales et du phylum basidiomycota, en plus du royaume des champignons.
