L'ARN transcrit est séparé d'un simple brin d'ADN qu'il utilise comme matrice, puis coupé en morceaux pour être traduit en protéines, tandis que l'ADN qui se forme pendant la réplication de l'ADN reste lié au simple brin pour devenir un nouveau, molécule d'ADN complète avec un double brin. La transcription de l'ARN et la réplication de l'ADN commencent de manière très similaire.
Dans les deux cas, une enzyme, l'ARN polymérase pour la transcription et l'ADN polymérase pour la réplication, divise la molécule d'ADN double brin au milieu, formant des brins simples. Les nucléotides sont ensuite liés aux nucléotides de l'ADN dans une séquence déterminée par l'ADN. Les quatre nucléotides possibles pour l'ADN correspondent à un seul des quatre autres.
La première différence réside dans le fait que, lors de la transcription, le double brin d'ADN n'est que partiellement scindé, tandis que lors de la réplication de l'ADN, le double brin doit être entièrement scindé. La différence suivante est que l'ARN n'est pas identique à l'ADN, bien qu'il soit similaire. L'un des nucléotides de l'ARN est différent, bien qu'il reste compatible avec l'appariement du nucléotide qu'il remplace. La coupure de l'ARN résultant entraîne la mise au rebut des sections inutilisées, appelées introns, tandis que les exons utiles sont recollés avec des instructions complètes pour construire une molécule de protéine.