Les archaebactéries sont classées scientifiquement dans le domaine Archaea. Le terme "archaebactéries" est entré en usage à la fin des années 1970 pour décrire un troisième domaine de la vie nouvellement reconnu constitué de certains micro-organismes unicellulaires. Étant donné que ces organismes sont totalement différents des bactéries, les scientifiques ont par la suite rebaptisé ce domaine Archaea.
De nombreux micro-organismes archéens vivent dans des environnements difficiles. Les thermophiles vivent dans des chaleurs extrêmes, comme les sources chaudes du parc national de Yellowstone, l'un des premiers endroits où les archées ont été découvertes. Les halophiles prospèrent dans les eaux très salées, tandis que les méthanogènes survivent malgré le méthane qu'ils produisent.
Les archées ne vivent pas exclusivement dans des conditions extrêmes. On les trouve en pleine mer parmi le plancton.