La principale raison pour laquelle les scientifiques et les étudiants colorent les cellules d'oignon est de faciliter le discernement des différentes structures et organites. En pratique, la plupart des cellules sont traitées avec des colorants ou des colorants pour leur donner un contraste plus élevé et améliorer la capacité du chercheur à visualiser les caractéristiques clés. Plusieurs teintures et colorants différents sont couramment utilisés, notamment l'éosine, l'iode et la safranine.
Les oignons et leurs cellules constitutives sont essentiellement incolores. S'ils sont examinés au microscope sans aucun colorant ni aucune tache, il est difficile de visualiser les parties des cellules. Cependant, lorsqu'elles sont colorées, de nombreuses structures différentes de la cellule deviennent visibles. Différents types de colorants sont utilisés pour aider à définir différentes parties de la cellule. Par exemple, l'encre pour stylo à bille est bien adaptée pour colorer le noyau des cellules d'oignon. Le tétroxyde d'osmium est un colorant noir utilisé pour aider à augmenter le contraste des lipides. Le cristal violet est un colorant utilisé conjointement avec un produit chimique appelé mordant pour colorer les parois cellulaires des cellules végétales.
De nombreux colorants et colorants sont nocifs, ils ne doivent donc être utilisés que sur des cellules non vivantes. Une exception à cette règle est le rouge de toluylène, qui peut être utilisé sur des cellules vivantes. Le brun bismark est une autre teinture qui peut être utilisée sur des cellules vivantes.
