Le protozoaire était historiquement un royaume, à plusieurs niveaux autour d'un phylum, d'organismes unicellulaires. La plupart étaient des hétérotrophes, tirant leur énergie du carbone organique obtenu en consommant d'autres organismes. Les taxonomies biologiques modernes ont abandonné la nomenclature formelle de ce groupe, car il représente de nombreux organismes avec des antécédents évolutifs divergents.
Officiellement, le terme est encore utilisé de manière descriptive pour décrire un groupe d'eucaryotes, des organismes qui possèdent un noyau lié à la membrane, dépourvus de structures filamenteuses trouvées dans les moisissures. Bien que la plupart des protozoaires définis de manière classique soient des hétérotrophes, certains sont des mixotrophes ; ces organismes sont également capables d'autotrophie, la génération d'énergie biologique à partir du métabolisme chimique ou de la lumière du soleil. Généralement, les protozoaires sont tous capables de se déplacer dans des environnements aqueux en utilisant des pseudopodes, des cils ou des flagelles pour se propulser.