Les pluies acides menacent et endommagent l'écosystème. Il peut retarder la croissance des arbres, modifier l'acidité de l'eau et provoquer la libération de substances toxiques du sol, nuisant à de nombreux animaux aquatiques et êtres vivants. Il fragilise également les matériaux et accélère l'érosion naturelle des structures en béton.
Les effets des pluies acides sont plus palpables dans les milieux aquatiques, tels que les marais, les rivières, les lacs et les ruisseaux. La plupart des eaux de surface ont un pH compris entre 6 et 8 ; lorsque les pluies acides tombent directement sur l'eau ou s'écoulent du sol et atteignent les cours d'eau, l'acidité de l'eau augmente. Un plan d'eau avec un pH bas ne peut pas soutenir une nouvelle vie. Les marais, avec leurs écosystèmes fragiles, peuvent souffrir le plus de la perte d'une espèce de poisson, car les animaux de ces écosystèmes dépendent les uns des autres pour prospérer.
Les pluies acides empêchent également les plantes et les arbres de pousser sainement. Lorsque des pluies acides tombent sur les feuilles, elles usent le revêtement protecteur des feuilles et les empêchent de bien faire la photosynthèse. Au fur et à mesure que la pluie acide ruisselle sur le sol, elle active des substances nocives, telles que l'aluminium, dans le sol et se retrouve ensuite dans les ruisseaux et les lacs. Les pluies acides dissolvent également les nutriments et les minéraux du sol qui favorisent la croissance des plantes et des arbres.
