La cellule a été découverte en 1665 par Robert Hooke lorsqu'il a examiné de fines tranches d'un bouchon de liège au microscope. Ce qu'il a vu n'étaient pas des cellules vivantes mais des parois cellulaires non vivantes. Hooke aurait utilisé le mot « cellules » pour ce qu'il a vu, car le bouchon lui rappelait les cellules d'un monastère.
En 1674, Antonie van Leeuwenhoek a été la première personne à voir des bactéries, des levures et les divers organismes trouvés dans une petite goutte d'eau à l'aide d'un microscope. Leeuwenhoek est souvent désigné comme le père de la microscopie. Les découvertes faites par Hooke et Leeuwenhoek ont changé la théorie scientifique du vitalisme à la théorie cellulaire.
