L'Empire Inca a été conquis par les Espagnols, dirigés par Francisco Pizarro et ses frères, entre 1532 et 1572. Bien que les Incas aient résisté, ils ont été affaiblis par la variole et la guerre civile, qui ont aidé les Espagnols à les vaincre et par la suite à détruire une grande partie de leur culture.
Le plus grand contributeur à la défaite des Incas était la maladie. Entre 60 et 94 pour cent de la population inca a été décimée par la variole avant l'arrivée des Espagnols. Cela a laissé l'empire affaibli. De plus, une guerre civile sanglante entre Atahualpa et Huáscar, les fils du défunt souverain inca Huayna Capac, a divisé les Incas et a permis aux Espagnols d'exploiter les divisions sociales qui se sont formées, ce qui a contribué à leur éventuelle conquête.