Une épidémie de variole a balayé l'empire inca, l'affaiblissant juste à temps pour que le conquistador espagnol Francisco Pizarro et ses hommes et alliés le conquièrent. Il existe également de solides preuves que l'empire était déjà en train de s'effondrer , son infrastructure endommagée par une expansion excessive et son gouvernement par les conflits.
L'empereur inca Huayna Capac est mort de la variole avec son héritier juste au moment où les conquistadors sont entrés en contact avec l'empire. Parce qu'il avait deux autres fils, Atahualpa et Huascar, qui aspiraient au trône, sa mort déclencha une guerre civile. Peu de temps après qu'Atahualpa eut tué son demi-frère Huascar, Pizarro exécuta Atahualpa, puis installa son propre roi fantoche, un adolescent nommé Manco Inca.
Les Incas se sont de nouveau soulevés contre Pizarro lorsque la femme de Manco Inca a été volée par le frère de Pizarro. Ils ont été écrasés par les Espagnols lourdement armés, et la dévastation croissante de la variole a empêché une nouvelle résistance.
