Les putois d'Amérique, les coyotes, les blaireaux, les renards, les lynx roux, les belettes, les faucons, les faucons et les aigles mangent des chiens de prairie jeunes et adultes. Les serpents à taureaux et les serpents à sonnettes s'attaquent aux jeunes chiens de prairie.
Les chiens de prairie sont des animaux sociaux qui vivent ensemble en grands groupes appelés villes. Une ville de chiens de prairie, comprenant un réseau complexe de trous et de tunnels, peut s'étendre jusqu'à 10 000 pieds de diamètre. Il peut contenir des centaines voire des milliers de ces petits animaux. Par conséquent, une ville de chien de prairie peut supporter de nombreux prédateurs.
Une ville de chiens de prairie contribue à façonner l'habitat de la région, accueillant jusqu'à 150 espèces, y compris des prédateurs. Les trous et tunnels des animaux aident à aérer le sol, profitant à un grand nombre de plantes consommées par de nombreuses créatures. Certaines de ces créatures ont même élu domicile dans les terriers des chiens de prairie.