La recombinaison somatique fait référence au processus impliquant la formation de gènes d'immunoglobine par recombinaison des éléments génétiques de la lignée germinale, ou de segments de gène d'immunoglobine, au sein d'un seul locus. Ce processus se produit dans le tissu lymphoïde primaire, qui est la moelle osseuse pour les cellules B et le thymus pour les cellules T. La recombinaison somatique précède le contact avec l'antigène et se produit pendant le développement des cellules B dans la moelle osseuse.
Chez les mammifères, les segments de gènes d'immunoglobine sont organisés en groupes d'exons variables (V), de diversité (D), de jonction (J) et constants (C). Dans les lymphocytes des vertébrés, la recombinaison somatique combine presque au hasard des segments de gènes variables, divers et joints. Des choix aléatoires de différents gènes aboutissent à divers codages de protéines, correspondant à des antigènes de bactéries, parasites, virus, cellules dysfonctionnelles et pollens.
Un DH et un JH sont épissés au hasard avec l'élimination de tout l'ADN intermédiaire (jointure D-J). Ceci est suivi d'un épissage aléatoire du segment VH au segment DJH réarrangé. Les séquences intermédiaires entre VDJH et CH sont transcrites en ARNm primaire. Dans le noyau, l'épissage de l'ARNm primaire produit un message mature, qui est traduit en chaîne H lorsqu'il est transporté dans le cytoplasme. L'ADN humain pour la chaîne H a environ 50 segments VH fonctionnels, 30 segments DH et six segments JH. Les deux premières CDR et trois FR de la région variable de la chaîne lourde subissent un codage par VH.
La formation aléatoire de nombreuses combinaisons VJL et VDJH diverses génère une diversité combinatoire. D'autre part, la jonction imprécise des segments de gènes et l'ajout de nucléotides aux sites d'épissage des séquences d'ADN entraînent une diversité jonctionnelle.
