Les effets fondateurs sont des phénomènes génétiques, tels qu'une variation limitée, au sein d'une population qui a commencé lorsqu'un petit groupe de personnes s'est déjà installé dans une nouvelle zone. L'effet a été couramment observé dans des zones isolées où les colonies ont été réglés.
Les effets fondateurs sont des exemples de dérive génétique, qui décrit certaines caractéristiques génétiques représentées plus ou moins fréquemment dans une population limitée que dans une population plus large. Une population originaire d'une région avec un nombre limité de personnes peut présenter moins de variations que la population plus importante dont elle était originaire.
Par exemple, un petit groupe de personnes se sépare d'une population plus importante pour s'installer dans une nouvelle région éloignée. Un ou plusieurs des couples fondateurs sont porteurs d'une mutation génétique qui provoque une maladie rare. Au fur et à mesure que la reproduction se produit dans la nouvelle colonie, cette mutation génétique et cette maladie rare deviennent plus courantes que dans la population d'origine plus importante.