Les raisons les plus courantes pour lesquelles les poissons rouges deviennent noirs sont la génétique et l'ingestion d'aliments colorés. Les environnements sombres amènent également les poissons rouges à produire de la mélanine supplémentaire, ce qui entraîne un changement de pigment. La maladie est rare, mais dans certains cas, les poissons rouges malades deviennent noirs.
Le changement de couleur naturel du poisson rouge n'est pas préoccupant. Les poissons rouges bon marché que l'on trouve couramment dans les animaleries sont susceptibles de changer de couleur, car leurs gènes de couleur sont souvent mélangés et leur généalogie est incertaine. Une erreur courante que commettent les propriétaires de poissons rouges est de supposer immédiatement qu'un poisson rouge est malade et de le traiter avec des antibiotiques. Bien que la maladie soit une cause possible, il existe plusieurs autres raisons complètement naturelles pour le changement de couleur, et les antibiotiques peuvent faire plus de mal que de bien.
L'ammoniac est créé en pourrissant la nourriture dans l'aquarium ainsi que les déchets de poisson rouge. Il provoque initialement une brûlure de la peau du poisson rouge, mais les brûlures ne sont pas visibles. Lorsque le niveau d'ammoniac baisse après le nettoyage et la désinfection de l'aquarium, la peau du poisson rouge commence à cicatriser et les plaques cicatrisées deviennent noires.
La maladie des points noirs est causée par un parasite présent dans les escargots. Lorsque des escargots sont présents dans l'aquarium, ils peuvent transmettre la maladie aux poissons. Les symptômes de la maladie des points noirs comprennent des formations de kystes noirs et des taches sombres sur la peau du poisson rouge.