Les épaulards sont menacés en raison d'un certain nombre de menaces, notamment les déversements de pétrole, la bioaccumulation de PCB et d'autres contaminants, la pollution sonore, les collisions avec les navires, l'enchevêtrement dans les engins de pêche, les fusillades par les pêcheurs et la perturbation de l'habitat par les observateurs de baleines. De plus, l'épuisement des populations de proies, telles que les mammifères marins et certaines espèces de poissons, affecte son écosystème.
Les menaces passées pour les épaulards incluent la capture pour une utilisation dans des expositions d'aquarium et la chasse commerciale. Bien que peu d'épaulards soient chassés pour leur valeur commerciale à partir de 2014, ils continuent d'être abattus par des pêcheurs commerciaux, qui les considèrent comme des concurrents. Depuis la marée noire de l'Exxon Valdez en 1989, les marées noires et autres fuites de polluants sont considérées comme de sérieuses menaces pour les épaulards. Les perturbations sonores qui affectent les épaulards incluent le sonar naval à haute intensité, dont les tomodensitométries ont prouvé qu'elles provoquaient des hémorragies autour du cerveau et des oreilles, ainsi que le son provenant du forage, de l'expédition et des fermes salmonicoles.
En 2013, la Liste rouge des espèces menacées de l'Union internationale pour la conservation de la nature et des ressources naturelles a répertorié l'unité taxonomique des épaulards comme manquant de données. Auparavant, les épaulards étaient considérés comme une seule espèce, mais les chercheurs postulent qu'il pourrait y avoir plusieurs espèces d'épaulards, dont certaines sont en voie de disparition à partir de 2014. Les épaulards résidents se déplacent en groupes et habitent des zones spécifiques, tandis que les épaulards migrateurs se déplacent dans des groupes plus petits et s'étendent dans des zones plus vastes. Les épaulards résidents du sud, par exemple, un groupe de trois grands groupes qui habitent les eaux côtières de l'ouest des États-Unis et du Canada, ont été déclarés espèce en voie de disparition en vertu de la Loi sur les espèces en voie de disparition en 2005, et la National Oceanic and Atmospheric Administration a déclaré leur aire de répartition un habitat essentiel soumis à conservation en 2006.
