Un écosystème d'eau douce est un type d'écosystème aquatique avec une faible concentration en sel. Il comprend des lacs, des étangs, des sources, des rivières, des ruisseaux et des zones humides. Il peut être divisé en deux catégories : l'écosystème d'eau lentique ou d'eau plate et l'écosystème d'eau iotique ou d'eau courante.
Les lacs et les étangs appartiennent à l'écosystème lentique. Ces plans d'eau peuvent aller de quelques mètres carrés à des centaines et des milliers de kilomètres carrés. Le plus grand lac, le lac Baïkai en Asie centrale, représente environ un cinquième de l'eau douce de la Terre. Les lacs et les étangs ont généralement une faible diversité d'espèces et sont isolés des autres plans d'eau.
Les ruisseaux et les rivières sont des plans d'eau qui coulent dans une seule direction. L'eau de l'écosystème iotique provient des sources, de la neige fondue dans les montagnes et même des lacs. L'eau se termine à leur embouchure puis pénètre dans un autre chenal fluvial, un lac ou un océan. Un estuaire, un autre habitat aquatique, est créé lorsque l'eau douce d'un environnement fluvial se mélange à l'eau salée d'un écosystème marin.
Une zone humide d'eau douce est un relief saturé d'eau de façon saisonnière ou permanente. En raison de son sol hydrique, une grande variété de plantes et d'animaux prospèrent dans les zones humides. La faune diversifiée que l'on trouve dans les zones humides est adaptée pour prospérer dans des sols saturés. Quelques exemples de zones humides comprennent les marais, les mangroves, les tourbières, les marécages et les fens.
