Les flagelles et les cils ont exactement les mêmes structures et fonctions, et les noms indiquent simplement combien sont présents sur une cellule donnée. Lorsqu'ils sont trouvés seuls ou en paire, ces protubérances cellulaires sont appelées flagelles. Les protubérances cellulaires identiques sont appelées cils si elles sont trouvées en groupes de trois ou plus.
Chaque cil ou flagelle est constitué d'un noyau de microtubules s'étendant de la membrane plasmique de la cellule. Les microtubules sont disposés selon un motif spécifique de neuf paires entourant deux microtubules singulets pour permettre le glissement. Le mouvement de glissement permet au flagelle ou au cil de se plier, facilitant ainsi le mouvement.
Le mouvement des flagelles et des cils commence à la base à côté de la surface cellulaire et s'étend le long de la saillie jusqu'à la fin en vagues.
Les flagelles se trouvent sur les spermatozoïdes et sur certaines algues, et ils sont utilisés pour propulser la cellule entière vers l'avant. Les cils se trouvent incrustés dans la muqueuse des voies respiratoires, où ils balaient les débris et les germes qui pénètrent dans le nez ou la bouche, et dans l'appareil reproducteur féminin. Certains protozoaires sont couverts de cils et les utilisent à la fois pour se déplacer et pour tirer de la nourriture. Les plus petits cils et flagelles ne mesurent chacun que quelques microns de long, tandis que les plus gros s'étendent sur 2 millimètres de long. Les flagelles poussent généralement plus longtemps que les cils.
