Les cobayes clignent des yeux. Il est rare de voir ces petits rongeurs cligner des yeux, ou même dormir les yeux fermés, mais ils s'éclaircissent parfois les yeux avec leurs paupières.
Les cobayes ont des yeux différents de ceux que l'on trouve couramment sur les autres mammifères, et la structure des yeux des animaux les empêche d'avoir à cligner fréquemment des yeux pour nettoyer leurs yeux de la poussière. Les yeux des cochons d'Inde ont une humeur aqueuse plus grande que la normale, qui est un liquide transparent recouvrant leurs yeux, qui empêche les petits débris de les dessécher ou de les irriter. Le résultat est que les rongeurs ont moins besoin de cligner des yeux, ce qui les aide également dans la nature. En tant qu'animaux de proie, les cobayes sauvages doivent être constamment conscients des menaces qui les entourent. Ils dorment donc les yeux ouverts pour paraître éveillés et attentifs aux éventuels prédateurs. Leur structure oculaire unique a évolué pour servir un objectif de survie même si elle n'est pas nécessaire pour leurs homologues domestiqués.
