Bien que personne ne sache exactement de quoi Pluton est fait, la plupart des scientifiques s'accordent à dire qu'il s'agit de 50 à 70 % de roche, le reste étant composé de diverses glaces. Le noyau de Pluton est composé de roche dense , tandis que les glaces forment le manteau plus large, mais moins dense. La croûte très externe de Pluton est composée de méthane et de givre d'azote.
Selon Nine Planets, Pluton est très difficile à étudier car il est très éloigné de la Terre ; il orbite autour du soleil à une distance de plus de 3,67 milliards de milles. À titre de comparaison, la Terre orbite autour du soleil à une distance d'environ 93 millions de milles seulement. L'orbite de Pluton est environ 39 fois plus éloignée du soleil que l'orbite de la Terre. Pluton fait partie de la ceinture de Kuiper, qui est une collection de millions de roches, de blocs de glace gelés et de comètes. Les objets de la ceinture de Kuiper sont les vestiges de la formation du système solaire. Les scientifiques soupçonnent que si Pluton sortait de son orbite et s'approchait du système solaire interne, il pousserait une queue alors que ses glaces de surface se sublimaient.
Les scientifiques ont utilisé la plus grande lune de Pluton, Charon, pour en savoir plus sur la planète naine. En mesurant la quantité, la couleur et l'intensité de la lumière réfléchie par Pluton, puis en notant ce qui se passe lorsque Charon obstrue la lumière, les scientifiques ont pu déterminer plus précisément la taille et les caractéristiques de Pluton.