Les protozoaires se déplacent par extension cellulaire, flagelles et cils ; le mode de déplacement est déterminé par le type d'organisme et le milieu environnant. Les protozoaires sont classés en trois groupes : les ciliés, les amibes et les flagellés. Les ciliés se déplacent en utilisant de minuscules cils, les flagellés se déplacent dans l'eau en utilisant des flagelles comme rames et pagaies et les amibes rampent le long des surfaces en prolongeant des parties de leurs cellules.
Les ciliés forment le plus grand groupe de protozoaires. Ces organismes varient en taille et vivent souvent dans des environnements aqueux, notamment les océans, les marais, les baies et les ruisseaux. Ces organismes contiennent des structures spéciales, appelées cils, qui sont essentiellement de minuscules brins ressemblant à des cheveux qui agissent comme des capteurs et des membres minuscules. Les ciliés ont plusieurs centaines de cils qui recouvrent leur corps. Les ciliés d'origine hydrique utilisent leurs cils pour se déplacer dans l'eau en les battant dans des motifs rythmiques dans un mouvement ressemblant aux coups de rames. Les flagellés vivent également principalement dans l'eau et utilisent leurs longs flagelles en forme de queue pour se déplacer dans l'eau. Ces flagelles agissent comme des gouvernails en aidant à stabiliser les flagelles lorsqu'ils se déplacent. Les mouvements des ciliés et des flagellés sont assez différents de ceux des amibes, qui ont des membranes cellulaires flexibles qui agissent comme des pieds. Les amibes traversent les surfaces en étirant, en pliant et en courbant ces structures cellulaires, qui se gonflent vers l'extérieur pour aider les amibes à se déplacer dans leur environnement.
