Les incubateurs, les autoclaves et les bioréacteurs sont trois pièces d'équipement utilisées par les microbiologistes. Chaque machine remplit une fonction spécialisée dans l'étude des bactéries, virus et autres micro-organismes.
Les incubateurs maintiennent des conditions environnementales optimales, ce qui permet aux microbiologistes de développer plus facilement des bactéries. À l'aide d'un incubateur, un microbiologiste est capable de contrôler l'humidité, la température et les niveaux d'oxygène. Un milieu de croissance est placé à l'intérieur de l'incubateur pour s'assurer que le micro-organisme dispose des nutriments dont il a besoin pour proliférer.
Les microbiologistes doivent empêcher la contamination croisée de leurs échantillons. Pour ce faire, ils stérilisent les instruments et les fournitures après les avoir utilisés. L'autoclave expose l'équipement à de la vapeur saturée à haute pression, tuant les bactéries et autres micro-organismes. Les autoclaves sont souvent utilisés pour stériliser les équipements en verre et en métal, mais ils ne peuvent pas être utilisés pour stériliser le plastique car le plastique fond à des températures aussi élevées.
Les bioréacteurs facilitent la croissance des organismes utilisés pour les applications biotechnologiques. Cette pièce d'équipement est souvent utilisée pour cultiver des organismes utilisés dans la production de vaccins et de médicaments. Comme un incubateur, un bioréacteur permet au microbiologiste de contrôler les conditions de croissance. Le panneau de commande d'un bioréacteur a des réglages pour le niveau de pH, le niveau d'oxygène, le taux d'agitation, le temps d'induction et l'apport de nutriments. Une chambre de fermentation est un exemple de bioréacteur. Ce type de chambre permet aux microbiologistes d'utiliser une fermentation à grande échelle pour produire les organismes utilisés dans la production d'hormones et de vaccins.