Les protistes sont des organismes unicellulaires qui propagent des maladies, soit par infection directe, soit via des toxines excrétées dans les aliments et l'eau. Les infections à protistes provoquent des maladies du système gastro-intestinal et nerveux, ainsi que des affections cutanées et pulmonaires .
Les amibes sont des protistes qui causent toute une gamme de maladies humaines. Ils sont responsables de la dysenterie amibienne, qui provoque de graves diarrhées, et d'une forme mortelle d'encéphalite. Les amibes peuvent également former des lésions sur les yeux et la peau, entraînant une infection supplémentaire ou la cécité.
Les dinoflagellés sont des protistes qui causent la marée rouge, une forme de pollution de l'eau. Ils épuisent l'eau de l'océan en oxygène, créant des zones mortes qui ne peuvent pas soutenir la vie animale. Les dinoflagellés libèrent également une toxine qui tue les poissons. Les poissons qui survivent accumulent la toxine dans leur chair, provoquant des nausées, des vomissements et des symptômes neurologiques chez les humains qui les consomment. La toxicité des dinoflagellés chez l'homme est appelée ciguatera ou empoisonnement par les mollusques.
Les protistes causent également la maladie du sommeil africaine et la maladie de Chagas, deux maladies apparentées qui surviennent sur différents continents. Ces protistes sont tous deux du genre Trypanosoma et se transmettent aux humains par les piqûres d'insectes. La maladie du sommeil africaine est endémique dans les régions occidentales et centrales de l'Afrique, tandis que la maladie de Chagas survient en Amérique centrale et du Sud.
