Les pluies acides avec un pH de 1,0 et moins affectent la germination des graines en retardant le processus de germination. Certaines graines sont plus résistantes à l'effet des pluies acides que d'autres.
Les pluies acides sont nocives pour les plantes à tous les stades de leur croissance. Le taux de germination, la vitesse de germination, la longueur des racines et de nombreuses autres mesures de croissance sont affectés négativement par les pluies acides. Les pluies acides augmentent la quantité de toxines dans le sol et l'atmosphère environnante. Le plomb libre, l'aluminium, le cuivre et d'autres métaux toxiques sont plus répandus dans le sol avec la présence de pluies acides. Les pluies acides abaissent également l'équilibre du pH du sol, ce qui affecte la population de micro-organismes qui décomposent la matière organique. Étant donné que ce processus est nécessaire pour libérer les nutriments dans le sol, il en résulte moins de nutriments pour la croissance de la plante. De plus, les pluies acides endommagent le revêtement cireux protecteur des feuilles. Lorsque le revêtement protecteur est endommagé, une humidité précieuse est perdue. L'acide remplace une partie de l'eau dans la plante, endommageant la capacité de la plante à effectuer efficacement la photosynthèse. Les dommages causés au revêtement cireux sur les feuilles de la plante par les pluies acides rendent également une plante plus sensible au froid.
