Les microscopes sont actuellement utilisés dans une variété de disciplines, de domaines et de contextes. Par exemple, les biologistes utilisent des microscopes pour étudier de minuscules organismes, tels que des bactéries et des algues. Les médecins et les travailleurs de laboratoire utilisent souvent des microscopes pour rechercher des parasites dans des échantillons biologiques.
Grâce aux progrès de la technologie des microscopes, les scientifiques modernes sont capables d'observer un certain nombre de petits objets et phénomènes. Par exemple, les médecins peuvent assister à la transmission de l'influx nerveux dans un échantillon de cellules cérébrales. Les médecins peuvent même observer les cellules qui produisent leurs produits, par exemple lorsqu'une cellule du pancréas sécrète de l'insuline.
Les microscopes sont également utilisés pour examiner les détails fins d'objets suffisamment grands pour être vus à l'œil nu. Les enquêteurs criminels, par exemple, utilisent des microscopes pour étudier les preuves qu'ils recueillent. Par exemple, en observant les cheveux à un grossissement élevé, les enquêteurs peuvent déterminer si les cheveux ont été extraits de force ou sont tombés d'eux-mêmes.
En plus d'utiliser des microscopes conventionnels basés sur la lumière, de nombreux scientifiques utilisent des microscopes électroniques pour étudier des objets trop petits pour être vus autrement. Les microscopes électroniques ne reposent pas sur une source lumineuse pour la visualisation. Ils font rebondir un faisceau d'électrons sur des objets pour déterminer leur forme, plutôt que des rayons de lumière. Les microscopes électroniques sont nécessaires pour visualiser des objets tels que des virus.