Les eubactéries se reproduisent de manière asexuée par fusion binaire. La fusion binaire est une réplication complète du matériel génétique de la bactérie qui entraîne la division d'une cellule mère en deux cellules bactériennes identiques. Il peut se produire rapidement à une fraction toutes les 20 minutes, ce qui explique l'étonnante capacité de réplication des eubactéries.
Au début de la fusion binaire, le matériel génétique d'une cellule d'eubactérie est copié de sorte que deux ensembles de chromosomes se forment. Ces deux copies de chromosomes se déplacent vers des régions nucléotidiques séparées et la membrane plasmique commence à se développer entre les deux copies. Une fois que ces copies ont doublé leur taille d'origine, la membrane plasmique se pince, séparant la cellule d'eubactérie d'origine en deux cellules filles. Ces deux cellules filles sont indépendantes l'une de l'autre mais peuvent parfois rester connectées. Cette connexion est ce qui forme des colonies chez certaines espèces. Étant donné que les cellules produites par fusion binaire sont génétiquement identiques, elles sont facilement détruites avec des antibiotiques. Afin de contrer cela, les eubactéries se recombinent par conjugaison, transduction et transformation.
Les bactéries sont un type d'eubactéries, et certaines possèdent la capacité d'entrer dans une phase de dormance appelée "spore", dans laquelle elles se reposent jusqu'à ce que les conditions menaçantes disparaissent. Les spores résistent à la chaleur, à la sécheresse sévère, aux radiations et aux produits chimiques toxiques.
