Les bactéries obtiennent de l'énergie soit en ingérant d'autres organismes et composés organiques, soit en produisant leur propre nourriture. Les bactéries qui produisent leur propre nourriture sont appelées autotrophes. Les bactéries qui doivent consommer d'autres molécules organiques pour produire de l'énergie sont appelées hétérotrophes.
Il existe deux types généraux d'hétérotrophes. Certains hétérotrophes fournissent tous leurs besoins énergétiques en dissolvant et en absorbant ou en ingérant d'autres organismes, et sont appelés hétérotrophes chimiotrophes. En revanche, certaines bactéries produisent une partie de leur propre énergie en exploitant la lumière du soleil, mais compensent l'équilibre de leurs besoins énergétiques en absorbant des molécules organiques.
Les autotrophes se produisent également dans deux types principaux. Il existe des autotrophes chimiotrophes, qui absorbent les molécules inorganiques, telles que les sulfures, et les convertissent en énergie, ainsi que des autotrophes phototrophes qui produisent leur propre énergie en absorbant la lumière du soleil. Dans l'ensemble, les bactéries obtiennent leur énergie de diverses manières, permettant à certains types de bactéries de vivre presque partout.
En dehors de ces quatre groupes de bactéries qui obtiennent de l'énergie de différentes manières, les bactéries respirent également de différentes manières. De nombreux organismes sont aérobies et dépendent de l'oxygène, tout comme les animaux. D'autres bactéries sont anaérobies, ce qui signifie qu'elles vivent dans un environnement sans oxygène. D'autres bactéries encore peuvent vivre dans des environnements riches ou appauvris en oxygène. Ces bactéries flexibles sont appelées anaérobies facultatifs.
