La digestion mécanique facilite la digestion chimique en brisant les aliments en plus petits morceaux avec une plus grande surface, ainsi qu'en introduisant des enzymes pour commencer le processus de digestion chimique. Chez l'homme, une grande partie de la digestion mécanique a lieu dans la bouche par la mastication, au cours de laquelle les dents brisent les aliments.
La mastication non seulement brise les aliments, mais les mélange également à la salive qui contient à la fois des enzymes et du mucus. Les enzymes servent principalement à décomposer les glucides. Le mucus aide à coller les particules de nourriture mâchées ensemble en une masse semi-solide connue sous le nom de bolus, qui est plus facile à avaler que l'aliment d'origine ne l'aurait souvent été. Il descend jusqu'à l'estomac, où la digestion mécanique et chimique se poursuit.
L'estomac digère mécaniquement le bolus par un processus connu sous le nom de péristaltisme, une contraction des parois de l'estomac qui brasse le bolus et le mélange avec de l'acide gastrique et d'autres enzymes, en particulier la pepsine, qui décompose les protéines. Ce processus décompose le bolus en une substance connue sous le nom de chyme. Le chyme est libéré par le bas de l'estomac et les acides gastriques qu'il contient sont neutralisés. Les fluides dans la partie supérieure des intestins émulsionnent la graisse, qui est une autre forme de digestion mécanique. Les intestins contiennent également d'autres enzymes pour décomposer les glucides et les protéines.