La majeure partie de l'ATP pour la respiration aérobie est produite pendant le cycle de Krebs, également appelé cycle de l'acide citrique, qui décompose le pyruvate, le produit final de la glycolyse, pour produire de l'ATP. Ce processus est dupliqué deux fois pour qu'il puisse produire deux fois plus d'ATP que les cycles qui le précèdent.
La glycolyse produit entre six et huit ATP au cours du premier cycle, qui produit également le pyruvate, qui est transformé en acétyl COA. Ces COA sont traités pour produire six autres ATP avant que les restes du COA ne soient traités dans le cycle de l'acide citrique. Le cycle produit six NADH, deux FADH2 et deux ATP. Le NADH produit 18 ATP à lui seul, puis le FADH2 en produit quatre autres pour aller avec les deux autres ATP produits dans ce cycle.
