Certains exemples de bactéries aérobies incluent Mycobacterium tuberculosis, qui cause la tuberculose, les bactéries du genre Nocardia, qui causent la nocardiose, et Psuedomonas aeruginosa, qui cause la pneumonie, les infections des voies urinaires et les problèmes gastro-intestinaux. Entièrement aérobie les bactéries ont un métabolisme basé sur l'oxygène et ne peuvent pas survivre sans oxygène.
Les bactéries anaérobies n'ont pas besoin d'oxygène. Les différences entre les bactéries anaérobies et aérobies peuvent être observées lorsqu'elles sont placées dans un milieu de culture. Les bactéries aérobies se rassemblent à la surface du milieu liquide pour être exposées au maximum d'oxygène. Certaines bactéries peuvent utiliser, mais n'en ont pas besoin, de l'oxygène ; d'autres types ne peuvent pas du tout survivre en présence d'oxygène libre.