Les aspects négatifs du clonage incluent les complications du développement, les gènes anormaux et les faibles taux de réussite. Il est également possible qu'un clone humain soit incapable de s'intégrer pleinement dans les rôles familiaux et sociaux.
Le clonage est en grande partie un échec car le processus de transfert nucléaire des cellules somatiques est problématique. Le taux de réussite global d'un transfert de noyau se situe entre 0,01 et 3 %. Il existe également un taux d'échec élevé pour les grossesses qui découlent du clonage. Un autre facteur de risque est que l'œuf et le noyau ne se forment pas de manière cohérente pour terminer le processus de clonage.
Les animaux clonés ont tendance à être plus gros que leurs homologues non clonés. C'est ce qu'on appelle le syndrome de la grande progéniture, et les animaux qui en souffrent sont sujets à de gros organes, ce qui provoque des complications respiratoires et sanguines. Les animaux clonés souffrent également de problèmes immunitaires, cérébraux et rénaux.
Il y a aussi la probabilité que les clones vieillissent plus vite en raison d'un noyau transféré déjà usé. Les scientifiques craignent que les chromosomes puissent avoir des propriétés compromises qui conduisent à un vieillissement accru. Les experts mettent également en garde contre les complications de développement qui peuvent également découler de ce problème.
Beaucoup soulèvent des questions sur les malformations qui peuvent également survenir lors du clonage humain, et le clonage humain soulève certaines questions éthiques. Par exemple, les opposants soutiennent que les clones humains n'auraient effectivement aucune autodétermination car ils seraient censés agir comme leur original génétique.
