Le clonage est une question controversée en raison des questions éthiques, philosophiques et religieuses inhérentes impliquées, telles que la diminution du caractère unique de l'individu et le risque d'échec biologique, comme le montrent les expériences sur les mammifères. Un humain cloné la famille de l'être, par exemple, ne le verra probablement jamais comme l'original.
L'argument le plus concret contre le clonage est qu'il s'agit encore d'une technologie naissante sujette à des taux d'échec élevés. Il est plausible que le clonage et le génie génétique connexe puissent conduire à l'objectivation des êtres humains par le potentiel de modifier des traits indésirables ou de recommencer complètement. De plus, la "pente glissante" de la légalisation et de l'acceptation du clonage en tant que société peut conduire à d'autres technologies radicales qui compromettent l'identité.