Les principaux inconvénients de l'utilisation d'engrais artificiels ou inorganiques, selon la Clemson University Extension, sont qu'ils risquent de polluer les eaux souterraines, et certains engrais inorganiques peuvent nuire aux plantes s'ils restent sur le feuillage. En outre, ils n'ajoutent pas autant de nutriments au sol que les engrais organiques et doivent être appliqués plus souvent que les engrais naturels, selon l'Oregon State University Extension.
Les nutriments contenus dans les engrais artificiels ne restent pas très longtemps dans le sol. Pour cette raison, les jardiniers doivent appliquer plus souvent des engrais inorganiques à leur sol que des engrais organiques. Des engrais inorganiques qui libèrent leurs nutriments dans le sol plus lentement, et nécessitent donc moins d'applications, sont disponibles auprès de certains fabricants.
Les engrais artificiels passent par un processus de fabrication, tandis que les engrais organiques, tels que le fumier, ne subissent généralement pas ce type de traitement. Le processus de traitement crée des engrais très riches en trois éléments nutritifs primaires dont les plantes ont besoin, à savoir l'azote, le phosphore et le potassium. Parce que les engrais inorganiques ont de telles concentrations élevées de ces minéraux, ils fonctionnent plus rapidement que les engrais tels que le fumier et le compost. C'est pourquoi les engrais artificiels sont si populaires auprès des jardiniers amateurs et des agriculteurs malgré leurs inconvénients potentiels.