Un spectromètre de masse est un instrument coûteux qui ne peut pas faire la distinction entre les isomères optiques ou géométriques. Il est utilisé pour analyser la masse, la formule et la structure d'un composé, en mesurant les rapports charge/masse de fragments .
Un spectromètre de masse ne peut pas distinguer les isomères géométriques d'un composé. Les isomères géométriques sont des composés ayant la même formule moléculaire mais une formule structurelle différente ; ceux-ci sont appelés isomères cis et trans. Par exemple, considérons le composé organique 1,2-dichloroéthène. Un spectromètre de masse ne peut pas distinguer et identifier les deux isomères géométriques de ce composé, à savoir le trans-1,2-dichloroéthène et le cis-1,2-dichloroéthène.
Les spectromètres de masse ne peuvent pas distinguer les isomères optiques. Les isomères optiques sont des images miroir non superposables les uns des autres et sont appelés énantiomères. Par exemple, l'alanine est un acide aminé composé des formes (+) et (-). Les énantiomères réagissent différemment à la lumière polarisée plane.
Les spectromètres de masse ne peuvent pas distinguer les substituants ortho(o-), méta(m-) et para(p-) des composés aromatiques. La disubstitution peut se produire dans trois orientations différentes dans un composé aromatique. 1,2-disubstitué est appelé noyau ortho aromatique, tandis que 1,4-disubstitué est appelé noyau para-aromatique. 1,3-disubstitué est appelé cycle méta-aromatique.
Les spectromètres de masse ne parviennent pas à identifier des ions fragmentés similaires dans les hydrocarbures. Le processus d'ionisation produit parfois trop de fragmentation, nous ne pouvons donc pas déterminer si l'ion de masse la plus élevée est un ion moléculaire d'hydrocarbures.
