Des prêtres franciscains ont fondé la Mission San Juan Capistrano pour étendre l'influence espagnole dans la région et convertir les peuples autochtones au christianisme. Lorsque le Mexique est devenu indépendant, le gouverneur local a vendu la mission à une famille privée, mais après que la Californie est devenue un État, le président Abraham Lincoln a rendu la mission à l'Église catholique.
Le père Fermin Lasuen a d'abord tenté de fonder la mission en 1775, mais après avoir entendu parler d'un soulèvement indien à San Diego, les prêtres ont enterré les cloches de la mission et abandonné le site. Le père Junipero Serra récupéra les cloches et fonda officiellement la mission le 1er novembre 1776. Lorsque les Indiens locaux, les Juaneno, contribuèrent à la construction de l'église et d'autres bâtiments, les prêtres leur firent activement du prosélytisme. Les Indiens qui se faisaient baptiser étaient obligés de changer de nom et de coutumes sociales, d'apprendre la langue espagnole et la doctrine catholique, et de suivre des règles strictes imposées par les prêtres, notamment ne pas quitter la mission sans autorisation. En 1806, la mission est florissante et compte plus de 1 000 habitants. Après cette période, la mission a commencé à décliner.
En 1812, un tremblement de terre a détruit l'église en pierre de la mission. En 1845, le gouverneur mexicain vend la mission à son beau-frère, John Forster, et elle sert de ranch. La Californie est devenue un État en 1850, et en 1865, Lincoln a signé un document cédant la propriété à l'Église catholique. Tout au long du 20ème siècle, il a subi une importante restauration. Un musée et une église sont sur le site depuis 2015, et de nombreux visiteurs viennent voir la migration annuelle des hirondelles Capistrano.
