Les effets secondaires courants des traitements oraux contre le ver du cœur comprennent la diarrhée, les vomissements et le manque de coordination musculaire. Les effets secondaires des traitements topiques contre le ver du cœur comprennent la perte de cheveux au site d'application, la diarrhée, les vomissements, les tremblements, l'halètement et la bave. Les effets secondaires du traitement par le ver du cœur injectable comprennent des convulsions, un choc, un gonflement, une irritation ou des démangeaisons de la peau, de la diarrhée et des vomissements. Il est rare que les chiens subissent des effets secondaires du traitement du ver du cœur.
En plus des effets secondaires du traitement contre le ver du cœur, certains chiens peuvent également présenter des réactions allergiques aux ingrédients contenus dans le médicament contre le ver du cœur. Un chien souffrant d'une réaction allergique peut présenter des symptômes tels que des convulsions, un choc, de l'urticaire, des démangeaisons et un gonflement, en particulier au niveau du visage. Les chiens qui ont une grave infestation par le ver du cœur peuvent être plus sensibles aux effets indésirables du traitement.
Certaines races de chiens sont particulièrement sensibles aux ingrédients actifs de la plupart des traitements contre le ver du cœur, l'ivermectine et la milbémycine. De nombreux colleys, whippets, bergers australiens et chiens de berger ont une mutation génétique qui les rend incapables d'éliminer de leur cerveau les médicaments contre le ver du cœur. Cette anomalie peut augmenter les chances que ces chiens souffrent de convulsions ou même de mourir à la suite d'un traitement contre le ver du cœur.
Le ver du cœur est une maladie grave considérée comme endémique dans de nombreuses régions. La plupart des vétérinaires estiment que les avantages du traitement préventif contre le ver du cœur l'emportent sur les risques d'effets secondaires.