Les lézards alligators sont exclusivement carnivores et se nourrissent d'un large éventail d'animaux allant des grillons et escargots aux têtards de grenouilles, aux œufs d'oiseaux et même à d'autres lézards et jeunes lézards alligators. Ce sont des chasseurs voraces qui attaquent avec leurs mâchoires puissantes et utilisent à la fois leur vue et leur sens aigu de la chimie pour traquer et inspecter leurs proies avant de les frapper et de les dévorer.
Les lézards alligators se nourrissent souvent de scinques de l'Ouest et d'autres petits reptiles avec lesquels ils partagent des habitats. Ils sont également connus comme des cannibales et ont l'habitude de consommer des lézards alligators juvéniles et nouvellement éclos, parfois même leurs propres petits. De plus, certains chercheurs pensent qu'ils recherchent et consomment des œufs d'oiseaux.
Les insectes et les arthropodes constituent un grand pourcentage du régime alimentaire du lézard alligator. Les araignées et les scorpions sont régulièrement des proies, tandis que les insectes moins dangereux comme les grillons, les escargots, les punaises et les mille-pattes sont le fourrage commun pour le puissant lézard. Les larves et les nymphes d'insectes immatures sont également considérées comme des proies viables.
Les lézards alligators perdent régulièrement leur peau et peuvent également perdre leur queue s'ils sont attaqués ou effrayés. Alors que perdre une queue peut permettre au lézard d'échapper à un prédateur ou à un rival, le lézard souffre pendant la repousse car le processus de régénération met son corps à rude épreuve.