Les déchets agricoles peuvent produire plusieurs effets nocifs, notamment des risques pour la santé et la contamination des plans d'eau environnants et de l'atmosphère. Les déchets agricoles, s'ils ne sont pas correctement éliminés, peuvent avoir des effets à court et à long terme sur les écosystèmes, les terres et les environnements plus larges en introduisant des toxines étrangères dans le sol et l'eau.
La pollution agricole provient de plusieurs sources. Les pesticides et les engrais constituent la majeure partie des déchets agricoles et comprennent des produits chimiques et des matériaux synthétiques artificiels. Souvent, les composés synthétiques ne se biodégradent pas lorsqu'ils sont exposés à l'air ou à l'eau et peuvent persister pendant des décennies, voire un siècle. Ces produits chimiques sont pulvérisés sur les champs cultivés pour éloigner les insectes et pénétrer dans les cours d'eau et les cours d'eau sous forme de ruissellement. L'eau contaminée est un autre effet primaire des déchets agricoles; l'eau est contaminée par les résidus d'engrais et de pesticides, ainsi que par des agents pathogènes tels que des virus et des bactéries, qui peuvent pénétrer dans les réseaux d'eau potable. Selon Conserve Energy Future, la pollution agricole est la principale source de pollution de l'eau et des lacs, car les produits chimiques et les toxines pénètrent dans les eaux souterraines lorsqu'ils se déposent au fond de ces grands plans d'eau. L'accumulation de ces substances entraîne finalement des problèmes de santé tels que le syndrome du bébé bleu et des troubles neurologiques. Les déchets agricoles peuvent également affecter négativement les animaux et les plantes aquatiques, car les engrais, le fumier, l'ammoniac et les déchets pénètrent dans les environnements locaux et perturbent les processus écosystémiques.